秘书处党支部建立初期，党员数量少、流动性大、组织关系分散。党支部采取积极发展新党员、社会聘用人员调转组织关系、外单位聘用人员过双重组织生活、派出机构成立临时党小组、建立《协会党员登记表》五项措施加强组织建设。几年来协会新发展两名青年党员，培养两名入党积极分子，为外地党员接转组织关系，在北京科技服务部建立一个临时党小组，参加组织生活的党员队伍不断壮大，夯实了党的组织基础。

党支部把学习贯彻党的路线方针政策，学习党的基本知识放在重要位置，先后组织党员群众学习中国特色社会主义理论、科学发展观、党的十八大、十九大、二十大精神、习近平同志系列讲话，在思想上、政治上和党中央保持一致。结合协会特点，组织学习学术团体性质、宗旨、任务和历史传承，激发从业人员工作热情和主人翁意识。组织开展向科技界、医务界先进人物学习，到北京防化部队学习交流、参观中国科技馆、周邓纪念馆、平津战役纪念馆、中国共产党“一大”会址、南湖革命纪念馆等多种主题实践活动，提升党员和从业人员的政治思想素质。

协会党支部严格执行党的组织生活和三会一课制度，确定每月一次特色党日活动，进行政治学习，定期召开组织生活会、开展为协会工作建言献策等活动。根据协会工作特点和党员结构，建立了党员责任制和组织、财务、学术、宣传等党员责任区，要求党员认真履职，严格执行党和国家的政策法规，在协会人事组织、财务管理、大型专项活动中发挥党组织的监督保证作用。党员以集体学习形式定期进行思想交流和工作汇报，保证协会办事机构依法依章健康发展。

近年来，协会党组织建设不断加强，2017年，建立了协会理事会党委，2019年建立了分支机构党的工作小组，印发了《中国抗癌协会专业委员会(分会)党的工作小组工作规则(试行)》的通知。自此，协会“理事会党委-办事机构党组织-分支机构党小组”三层党组织体系全部建立，实现了党的组织全覆盖。

2010年4月14，日青海省玉树州发生大地震，协会党支部第一时间组织全体党员干部、工作人员为震区捐款。2020年新春伊始，伴随新型冠状病毒的肆虐，协会第一时间发布告全体会员书、制作《抗疫抗癌，我们同在》宣传片，动员协会全体会员众志成城，“一手抗癌，一手抗疫”。协会党支部全体党员干部自发组织捐款，奉献爱心。协会各专业委员会、省市自治区抗癌协会、单位会员大义为先、挺身而出，舍小家为大家，为打赢疫情防控硬仗，守护人民群众生命健康而全力以赴。在疫情防控危难之际，全国肿瘤战线的英雄儿女们用自己的行动书写着责任与担当，协会也因此被中国科协授予全国“优秀抗疫学会”称号。